Nellie och hennes familj har flyttat till en ny stad. Men det tar inte lång tid innan Nellie upptäcker att det pågår något skumt i staden. Varför installerar de alla dessa mystiska rör? Och vad är det som händer på den stora fabriken? När Nellies nya vän Kapten Kaos försvinner från sin kasperteater finns det ingen tvekan - detta måste undersökas.
Den mystiska fabriken är ett klassiskt serieäventyr, fullspäckat med spännande karaktärer. Historiens huvudperson är Nellie: en ung, nyfiken och modig flicka som alltid är redo att kasta sig ut på äventyr.